保险公司赔偿了1000元，扣除了250元的医疗费用，

您可以要求赔偿，法律依据为相关法律法规对于赔偿项目有明确规定。《民法典》等法律支持医疗费、照顾孩子的误工费、营养费等赔偿。若不及时处理，可能影响孩子健康及学业。建议尽快协商或提起诉讼。
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针对您的情况，处理方式如下：1.收集证据：包括医疗费收据、诊断证明等。2.与保险公司协商：基于收集的证据提出赔偿要求。3.若协商无果，咨询专业律师，准备法律材料提起诉讼。
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常见处理方式包括协商和诉讼。首先尝试与保险公司或对方协商，达不成一致时再考虑提起诉讼，通过法律途径维护权益。